Airalogy Protocol's protocol.toml

protocol.toml在Airalogy Protocol中，被用于定义Airalogy Protocol的元信息（采用易于编写的TOML格式。类似于Python的pyproject.toml）。用户在自定义一个Airalogy Protocol时，大部分情况下可以不手动编写protocol.toml（Airalogy Platform在用户将Airalogy Protocol上传到Unit时会自动生成protocol.toml）。但是，用户也可以手动编写protocol.toml，以便于更好的定义Airalogy Protocol的元信息。

文件结构

protocol.toml可以被定义于一个Airalogy Protocol的根目录下。其文件结构如下：

protocol/
├── protocol.aimd
├── model.py
├── assigner.py
└── protocol.toml

定义Protocol元信息

protocol.toml的定义语法如下：

[airalogy_protocol]
id = "alice_s_protocol"
version = "0.0.1"
name = "Alice's Protocol"
description = "An example protocol for demonstration purposes."
authors = [
    {name = "Alice", email = "alice@airalogy.com", airalogy_user_id = "airalogy.id.user.alice"}
]
maintainers = [
    {name = "Alice", email = "alice@airalogy.com", airalogy_user_id = "airalogy.id.user.alice"}
]
disciplines = ["drug discovery", "biology"]
keywords = ["cck-8", "cell viability", "drug screening", "proliferation assay"]
license = "CC-BY-4.0"

• id：Protocol的ID。当Airalogy Protocol上传到Airalogy Platform中的一个Protocol Repository时，该ID既是Protocol Repository的ID。为此，该ID只需要在Protocol Repository所在的Project下唯一即可。
• version：Protocol的版本。该字段用于定义Protocol的版本号。其格式一定要遵循x.y.z的格式，其中x、y、z是数字。如果用户没有手动定义protocol.toml，则该字段的值为Airalogy Platform自动生成的Protocol版本号，默认为0.0.1。
• name：Protocol的名称。如果用户没有手动定义protocol.toml，则该字段的值为Airalogy Platform自动生成的Protocol名称（通常是Airalogy Markdown中的一级标题。如果是自动产生的name前端会将其展示给用户，如果用户不满意还可以手动修改）。
• description（可选）：可以写一小段关于该Protocol的简短描述。
• authors（可选）：Protocol的作者。该字段用于定义Protocol的作者信息。其格式为一个列表，列表中的每个元素是一个作者信息，包括作者的：姓名、邮箱（可选）、Airalogy User ID（可选）。
• maintainers（可选）：Protocol的维护者。该字段用于定义Protocol的维护者信息。其格式为一个列表，列表中的每个元素是一个维护者信息，包括维护者的：姓名、邮箱（可选）、Airalogy User ID（可选）。
• disciplines（可选）：Protocol的学科领域。该字段用于定义Protocol的学科领域。其格式为一个列表，列表中的每个元素是一个学科领域的名称。其中列表中的第一个元素被视为该Protocol的主要学科领域。
• keywords（可选）：Protocol的关键词。该字段用于定义Protocol的关键词。其格式为一个列表，列表中的每个元素是一个关键词。
• license（可选）：Protocol的许可证。由于一个Airalogy Protocol以和代码包一样的形式管理，因此用户可以在protocol.toml中定义Protocol的许可证，以帮助用户更好的理解该Protocol的使用限制。该字段的值为一个字符串，表示许可证的名称。如果用户没有手动定义，则默认为空字符串（表示不使用许可证）。

注意：在protocol.toml中，我们并没有包含类似lab_id、project_id这是因为这些IDs其性质上本质是依赖于Airalogy Platform，从ID性质上来看，这些IDs的逻辑层级应该是超于Protocol的，为此我们并没有在protocol.toml中定义这些IDs。

参考

protocol.toml的设计参考了pyproject.toml的设计。